El pueblo de Villa de San Sebastián Bernal, mejor conocido como Bernal, late bajo las faldas de la peña, y se muestra enigmático lleno de riqueza histórica y cultural. Sus paisajes han sido escenarios de películas. Se ubica a sólo 59 km de la ciudad de Santiago de Querétaro.
El actual pueblo de Bernal fue fundado en 1647 por el teniente Alonso Cabrera, que se trasladaba de la población de Cadereyta, junto a los primeros pobladores del pueblo, para construir una población que los resguardara de los constantes ataques de incursiones Pames y Chichimecas.
Durante gran parte de los siglos XVII y XVIII Bernal fue considerado el límite sur de la Gran Chichimeca, vasta zona formada por el norte de los hoy estados de Querétaro, Guanajuato, gran parte de San Luis Potosí y Zacatecas, en donde grupos étnicos Chichimecas, Pames y Jonaces, luchaban contra los colonizadores.
La elección del lugar se dio al considerársele seguro y elevado, desde donde se podía vigilar la zona. El primer edificio construido fue el cuartel en el cual se alojaron los soldados, posteriormente comenzaron a llegar mas habitantes que fueron construyendo otros edificaciones. El cuartel fue sustituido por un presidio más elaborado y luego fue construido el edificio gubernamental hoy conocido como las Casas Reales. Pronto Bernal comenzó a consolidarse como población y se construyeron la mayor parte de los edificios y casas coloniales hoy visibles, siendo uno de los pueblos más ricos arquitectónicamente del estado.
En el año de 1725 se le dio el rango de congregación con el nombre de San Sebastián Bernal y se construyó la actual iglesia de tres naves dedicada a San Sebastián, patrón del pueblo desde su fundación, cuya fiesta cada 20 de enero es una de las principales celebraciones del pueblo actualmente.
En febrero de 2006 fue catalogado como «Pueblo Mágico» por la Secretaría de Turismo de México, por sus atributos simbólicos, leyendas e historia. Este calificativo se otorga como un reconocimiento a la preservación del patrimonio tanto cultural como histórico.
Una excelente manera de disfrutar Bernal es recorrer sus hermosas calles, visitando las primeras casonas construidas durante el siglo XVII. La Oficina de turismo ofrece dos recorridos; el primero, relata la historia del pueblo y la geología de la peña; el segundo, narra la fundación de Bernal y la procesión de las Ánimas.
Es muy conocido el circuito de monumentos históricos, que incluye edificaciones como el Castillo del Siglo XVII que cuenta con un gran reloj de origen alemán, colocado para recibir la llegada del siglo XIX. Otra construcción muy importante es la Capilla de las Ánimas, construida en el siglo XVIII en honor a las almas del purgatorio.
La Posada de Don Luis 